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Bourgade modeste des pêcheurs, Agadir signifie « grenier fortifié » en Berbère. L'histoire de la ville débute vraiment au XVIe siècle lorsque les Portugais sinstallèrent à Agadir. Ils construisirent au pied de léperon montagneux dominant la baie, une forteresse qui devint plus tard le quartier Fonti, à laquelle ils donnèrent le nom de Santa Cruz du Cap de Ghir. Cette forteresse était une étape maritime des Portugais se rendant en Inde. Mohamed Ech Cheikh, fondateur de la dynastie Saâdienne, a libéré la ville en 1541 après un siège de six mois. Trente ans plus tard, son fils, a édifié la Casbah qui domine encore l'océan afin d'éviter le retour des Portugais.


Au XVIIe siècle, Agadir (Sainte Croix ou Santa Cruz de Mar Pequeña ou Santa Cruz de Beibeira) était un grand port où le drap et le blé européens s'échangeaient contre l'or du Soudan ou de Guinée et le sucre du Souss. Des négociants français, hollandais, danois, anglais, portugais et espagnols ne cessèrent de sy disputer linfluence, car le port était devenu le débouché du Soudan.


Agadir est située dans la riche plaine de Souss qui possède un énorme potentiel en agriculture. Ceci permit aux sultans Sâadiens d'assurer l'âge d'or d'Agadir jusqu'au XVIIe siècle. La ville était connue par l'exportation des dattes, cires, épices et or.


Au XVIIIème siècle, la dynastie alaouite arrivée au pouvoir du Maroc s'empare de la ville, et pour punir les habitants rebelles de la région, le sultan Mohammed Ben Abdallah décide fermer le port et transférer toutes les activités maritimes vers Essaouira.


En 1911, l'empereur Guillaume II, roi de la Prusse, envoie un croiseur dans la rade d'Agadir, où il essaie d'installer une base navale. La France s'oppose et propose un consensus concernant les droits allemands. Après de lourds pourparlers diplomatiques. La France abandonne une partie du Congo en faveur de l'Allemagne qui nexprimera plus dintérêt impérialiste sur le Maroc.


En 1930, Agadir est devenue une des étapes de la poste aérienne. Saint-Exupéry et Mermoz faisaient là l'arrêt avant qu'ils entreprennent la traversée de l'Atlantique.


Le 29 février 1960, peu avant minuit, un séisme frappe la ville et quinze secondes ont suffit pour ensevelir 15 000 âmes. Ce fut la catastrophe la plus atroce de lhistoire de la petite ville. Après ce drame la reconstitution de la ville commence, les architectes les plus célèbres ont contribué à faire de la ville l'une des plus modernes du Maroc.